Opiskelu Tarton yliopiston lääketieteellisessä tiedekunnassa kestää kuusi vuotta. Opiskelu jakautuu prekliiniseen osaan (2,5 vuotta) ja kliiniseen osaan (3,5 vuotta). Kliinisen osan viimeinen vuosi suoritetaan kokonaisuudessaan harjoittelun muodossa, joka on mahdollista suorittaa myös Suomessa. Enemmistö suomalaisista opiskelijoista aloittaa 12 hengen englanninkielisessä ryhmässä, joita on kaksi vuosikurssia kohden.

Opetustyyli vaihtelee jo suomalaisten tiedekuntien välillä suuresti, joten on vaikeaa verrata Tartossa opiskelua suomalaiseen opintojärjestelmään. Virolainen koulutus on suomalaista aavistuksen teoreettisempaa ja perinteisempää. Opintojen ydinsisältö on kuitenkin loppujen lopuksi hyvin samanlainen. Tähän vaikuttaa osittain se, että yhteistyö lääketieteen saralla Viron ja Suomen välillä tiivistä. Suomalaiset työnantajatkin arvostavat Virosta hankittua tutkintoa siinä missä suomalaistakin.